Le Pareti
Alle pareti vennero collocati, tra il 1562 e il 1572, numerosi ritratti di antichi Filosofi per ricreare un ambiente simile a quello delle biblioteche dell'antichità.
A questo ciclo partecipò anche il grande escluso dal ciclo del soffitto, Tintoretto, che peraltro era già stato attivo nella decorazione del Vestibolo, con tele oggi disperse in varie collezioni.
I due Filosofi al lato del portale sono di Paolo Veronese.
Sulla parete sinistra, i primi due sono dello Schiavone. Seguono quattro Filosofi di Tintoretto (il più ammirato dei suoi Filosofi era un tempo Diogene, il penultimo della parete di sinistra). Del Tintoretto sono anche i due sulla parete di fondo (ma per quello di destra vi sono incertezze).
Sulla parete destra, verso la piazzetta: La Fede, di scuola veronesiana, Prometeo, di Giuseppe Porta detto il Salviati (la testa è rifatta da Pietro Vecchia); il profeta Geremia dello stesso, un Filosofo di Battista Franco, un Filosofo di Lambert Sustris; la Carità di scuola veronesiana.
(I dipinti di questa parete non appartengono, salvo i due Filosofi, al ciclo originario. Le attribuzioni sono di Nicola Ivanoff).
Si veda l'elenco dei Filosofi e le relative immagini.
Il soffitto
Il soffitto, per l'importanza e il numero delle opere, è stato definito il manifesto del manierismo a Venezia.
I primi tre tondi (a partire dall'ingresso), quelli di Giovanni De Mio detto Fratina (da destra: Natura, Pallade, Giove; La Teologia davanti agli Dei; La filosofia naturale) sono i più lontani dalla pittura tradizionale veneziana, sia per la prevalenza del disegno, sia per il colore bruno e freddo.
Giuseppe Porta detto il Salviati (seconda sequenza di tondi, da destra: La Virtù sprezza la Fortuna; Arte, Mercurio, Plutone; Pallade, Ercole) e Battista Franco (terza sequenza di tondi; da destra: Agricoltura, Pomona, Cerere e Vertumno; Diana e Atteone; La Sollecitudine, la Fatica e l'Esercizio) appaiono legati alla loro formazione romanistica.
Giulio Licinio (quarta terna di tondi, da destra: La Vigilanza, la Pazienza; La Gloria e la Beatitudine; il terzo tondo, La Scultura, venne rifatto nel 1635 da Bernardo Strozzi) subisce l'influenza di Tiziano e quella del Franco.
Giovanni Battista Zelotti (quinta sequenza di tondi, da destra: Le Matematiche; Buone abitudini, Virtù; (l'ultimo tondo, Nilo, Atlante, Geometria e Astrologia èopera del Padovanino, eseguita nel 1635) tenta di misurarsi con il Veronese.
Veronese (penultima sequenza di tondi, da destra: L'Onore; L'Aritmetica e la Geometria; La Musica) trionfa con la felicità dei suoi colori con cui, come scrisse nel Seicento Carlo Ridolfi, "secondò la gioia, rese pomposa la bellezza, fece più festevole il riso".
La fluidità cromatica degli ultimi tre tondi di Andrea Meldolla detto lo Schiavone (Il Governo; Il Sacerdozio; Le Armi) chiude il ciclo.
Due tondi, rovinati dalla pioggia, furono rifatti nel 1635: sono quelli del Padovanino e di Bernardo Strozzi.
Gli artisti del soffitto, che erano stati scelti dai Procuratori di San Marco, d'accordo col Sansovino e con Tiziano, dichiararono unanimi che il migliore tra loro era stato il Veronese; e i Procuratori donarono a quest'ultimo, in segno di gratitudine, una catena d'oro: così narra il Ridolfi, che vide la catena in casa di un nipote del Veronese.
Si veda l'elenco dei tondi e le relative immagini.