I codici marciani sono ripartiti in due grandi insiemi, il Fondo Antico e l'Appendice, entrambi suddivisi all'interno per lingua. I relativi cataloghi a stampa sono:
Codici greci
- Elpidio Mioni, Bibliotecae Divi Marci Venetiarum Codices Graeci Manuscripti, Roma, Istituto Poligrafico dello Stato - Libreria dello Stato, 1967-1985 (Indici e Cataloghi, Nuova Serie, 6), per l'intero fondo dei codici greci marciani, 6 volumi corredati di indici analitici.
Codici latini
- Giuseppe Valentinelli, Bibliotheca Manuscripta ad S. Marci Venetiarum. Codices manuscripti latini, Venetiis, Ex Typographia Commercii, 1868-1873, 6 volumi con indici.
- Pietro Zorzanello, Catalogo dei codici latini della Biblioteca Nazionale Marciana di Venezia non compresi nel catalogo di G. Valentinelli, Trezzano sul Naviglio, Etimar, 1980-1985; 3 volumi con indici; in appendice 18 manoscritti acquisiti dal 1953 al 1981, descritti da Susy Marcon.
Codici italiani (descrizione parziale)
- Carlo Frati, Arnaldo Segarizzi, Catalogo dei codici marciani italiani, Modena, Ferraguti e C., 1909-191; sono descritti i codici italiani del Fondo Antinco Zanetti e dell'Appendice sino alla classe V; 2 volumi con indici.
- Pietro Zorzanello, Catalogo dei manoscritti italiani della Biblioteca Nazionale Marciana di Venezia. Classe VI, Firenze, Olschki, 1950 (Inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia, 77); descrive i codici della classe VI, 1-502, 1 volume con indice.
- Pietro Zorzanello, Giulio Zorzanello, Catalogo dei manoscritti italiani della Biblioteca Nazionale Marciana di Venezia. Classe VII, Firenze, Olschki, 1956-1979 (Inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia, 81, 85, 87, 89, 91); descrive i codici 1-2604 della classe VII, 5 volumi con indici.
Codici francesi
- Domenico Ciampoli, I codici francesi della R. Biblioteca Nazionale di S. Marco in Venezia, Venezia, Olschki, 1897; descrizione dei 25 codici del Fondo Antico Zanetti, dei codici 1-39 dell'Appendice e di alcuni presenti entro altre segnature di codici marciani, corredato da indici.
- Il fondo francese della Biblioteca Marciana di Venezia, a cura di Sebastiano Bisson, Roma, Edizioni di storia e letteratura, 2008; il catalogo offre una nuova e aggiornata panoramica sul fondo straniero della Biblioteca Marciana prendendo in esame e descrivendo i codici del Fondo Antico Zanetti segnati “Fr. Z. 1-23” e i codici dell'Appendice segnati: Str. App. 1, 6, 8, 10, 11, 14, 20, 23, 29, 39, 44, 45. È corredato da tabella delle concordanze e indici.
Codici "orientali"
- Domenico Ciampoli, I codici paleoslavi della R. Biblioteca Nazionale di S. Marco, Roma, Tip. Poliglotta della S. C. de Propaganda Fide, 1894.
- Edmond Voordeckers, Les Manuscrits slaves de Venise, in "Slavica Gandensia", I (1974), pp. 141-153.
- Giuliano Tamani, Catalogo dei manoscritti ebraici della Biblioteca Marciana di Venezia, Firenze, Olschki, 1973.
- Amalia Pezzali, Il fondo orientale della Biblioteca Nazionale Marciana, in Miscellanea marciana di studi bessarionei, Padova, Antenore, 1976, pp. 469-510 (manoscritti cinesi e giapponesi).
- Angelo M. Piemontese, Catalogo dei manoscritti persiani conservati nelle Biblioteche d'Italia, Roma, Istituto Poligrafico e Zecca dello Stato, 1989 (Indici e Cataloghi, Nuova Serie, 5), pp. 319-355.
- Catalogo dei manoscritti armeni delle biblioteche d'Italia, a cura di Gabriella Uluhogian, Roma, Istituto poligrafico e Zecca dello Stato, Libreria dello Stato, 2010 (Indici e Cataloghi, n.s. 20): vi sono descritti i 7 manoscritti armeni marciani.
Codici musicali (catalogati per la maggior parte nella classe IV dei codici italiani dell'Appendice)
- Taddeo Wiel, I codici musicali contariniani del secolo XVII nella R. Biblioteca di San Marco in Venezia, Venezia, Ongania, 1888 [disponibile anche in ristampa anastatica: Bologna, Forni, 1969]; descrive i codici marciani It. IV, 351-470.
Catalogo delle opere musicali teoriche e pratiche di autori vissuti sino ai primi decenni del secolo XIX, esistenti nelle biblioteche e negli archivi pubblici e privati d'Italia, [Parma, 1914-1942] (Pubblicazione dell'Associazione dei Musicologi italiani) [disponibile anche in ristampa anastatica: Bologna, Forni, 1983]; alle pp.169-382 i marciani.
Cataloghi di altri fondi:
Fondo "Archivio Morelliano"
- Catalogo di studi e carteggi del fu bibliotecario della Marciana ab. Jacopo Cav. Morelli, esistenti presso l'ill.mo e r.mo monsignor fr. Pietro dott. Pianton abate di S. M. della Misericordia, dei quali i proprietari vogliono fare la vendita, Venezia, co' tipi di P. Naratovich, 1847.
Si tratta della parte della biblioteca - codici e carteggi - di Iacopo Morelli, passata per eredità a Pietro Bettio e poi venduta, pervenuta alla Biblioteca Marciana attraverso l'acquisto del 1877; corrisponde a 131 fasci di carte e codici, più la serie di dieci dei libretti di appunti del Morelli riguardanti manoscritti esaminati in varie biblioteche. - Alessia Giachery, Jacopo Morelli e la repubblica delle lettere attraverso la sua corrispondenza (1768-1819), Venezia, Marcianum press, 2012
Fondo Gozzi
- Catalogo del fondo Gozzi presso la Biblioteca Nazionale Marciana, a cura di Susy Marcon, Elisabetta Lugato e Stefano Trovato, in Carlo Gozzi 1720-1806: stravaganze sceniche, letterarie battaglie, a cura di Fabio Soldini, Venezia, Marsilio, 2006, pp. 113-200: il catalogo riunisce le carte autografe della famiglia Gozzi pervenute alla Biblioteca in due momenti diversi: un lotto più cospicuo, nel 2003, indicizzato come Fondo Gozzi 1.1-24.3, che è andato ad aggiungersi alla piccola parte del medesimo insieme che era già pervenuta a questa raccolta pubblica veneziana nel 1932 (codici con segnatura: It. VII, 2504 =12069; It. IX, 680-686 = 12070-12076). È corredato da indici.